1908年，“德文醫學堂”改名為“同濟德文醫學堂”。

1924年5月20日，更名為同濟醫工大學。
1927年8月，更名為國立同濟大學，原醫、工兩科分別更名為醫學院、工學院。
1937年又先后增設了文、理、法等學院，從而成為了一所多學科的綜合大學。
1937年8月，淞滬會戰，學校師生同舟共濟，由上海西遷入大后方，途徑浙贛桂滇，于1940年10月到達四川宜賓和南溪。
1946年7月，同濟大學醫學院遷回上海。

1955年8月，中南同濟醫學院更名為武漢醫學院。

2000年6月15日，成立華中科技大學同濟醫學院，建立華中科技大學同濟醫學院委員會。
2006年9月25日，成立華中科技大學醫科管理委員會，華中科技大學校長兼任委員會主任。調整同濟醫學院管理職能，同濟醫學院對外代表華中科技大學醫科，涵蓋所有醫科院系和附屬醫院。學校對醫科院系和附屬醫院在行政和黨務上實行直管體制。成立同濟校區黨工委和管委會，設立同濟校區綜合辦公室,在同濟校區設立大學管理職能部門的辦事機構。
2011年3月26日，對同濟校區管委會行政機構及其相關職能作適當調整，同濟校區管委會下設綜合辦公室、總務辦公室和保衛辦公室。
2012年11月3日，成立中共華中科技大學同濟醫學院委員會。
2013年3月14日，撤銷中共華中科技大學同濟校區工作委員會、華中科技大學同濟校區管理委員會及其下屬機構，撤銷中共華中科技大學同濟校區機關及直屬單位總支部委員會、中共華中科技大學同濟校區離退休總支部委員會建制。原同濟醫學院辦公室和同濟校區綜合辦公室職能，歸并到現同濟醫學院辦公室。成立同濟醫學院總務辦公室、同濟醫學院保衛辦公室。
2014年，根據學校《關于進一步完善醫學教育管理體制的方案》精神，設立醫學院綜合辦公室、醫學學科與發展規劃辦公室、醫學教務處、醫學科研處、醫學學生工作部（處）、醫學研究生部（處）、醫學總務處、醫學保衛部（處）、醫學工會等職能部門 ，以及醫學院機關黨總支。